Dans l'histoire de la muséologie, le Musée de Bretagne est aujourd'hui considéré comme l'un des modèles de conception portés par Georges-Henri Rivière. Découpé en séquences chronologiques, il accorde une large place aux aspects géographiques, économiques, sociaux et culturels, rompant ainsi avec une conception étroitement événementielle de l'Histoire.

Soucieux d'adopter une démarche scientifique rigoureuse, il épouse ainsi les thèses développées par l'école des Annales. La démarche se veut par ailleurs originale : faire prévaloir le discours sur l'objet, le programme sur la collection. En d'autres termes, les collections ne constituent que l'illustration d'un propos didactique sur l'histoire de la Bretagne et de ses habitants, des origines à nos jours.

La première salle du Musée de Bretagne ouvre en 1960. Elle est consacrée à la Bretagne, de 1789 à 1914. Progressivement, les différentes sections se mettront en place (Moyen-Age, Ancien Régime, puis Préhistoire, Armorique gallo-romaine, etc.). En 1975, l'ouverture de la section contemporaine marque l'achèvement du programme muséologique. Le Musée de Bretagne prend alors sa pleine autonomie par rapport aux musées des Beaux-Arts et d'archéologie.

Premier musée à vocation régionale, fondé sur un « programme interdisciplinaire périodisé », le Musée de Bretagne a inspiré de nombreuses réalisations en France (Caen, Bordeaux, etc.).